Загрузчик linux лучше размещать на устройстве, на котором нет загрузчика windows. Конечно можно и совместить но проблем будет не мало, были примеры когда при абсолютно верных настройках, windows при очередном обновлении затирало загрузчик Linux, ошибетесь, затрете загрузчик windows и т.п.
Куда ставить - стороннее устройство, позволит работать одновременно а не последовательно, это же логично
Как использовать диски hdd и ssd, особенно если ssd маленький (64..128гб):
1. сделать ssd диск кеширующим (не обязательно весь, можно выделить раздел) для большого но медленного hdd.
В linux есть отличная технология - bcache (там еще и другие есть с той же задачей, bcache универсальнее и проще), поддержка из коробки во всех современных дистрибутивах, никаких проблем с загрузкой, простое как валенок. в ней медленный раздел форматируется make-bcache как bcache backing device, а раздел на ssd как cache device, регистрируешь первый, а второй подсовываешь как кеш для первого (это можно делать на лету позже выключая и включая), даже поддерживается кеш записи.
Кеш сохраняется между перезагрузками и это главная фича, т.е. прогретый кеш сделает работу с hdd такой, будто он весь ssd (точнее не придется вручную решать и перемещать файлы кому лежать на hdd а кому на ssd).
я размещал на закешированном 64гб ssd дискерасшаренный образ с помощью iscsi с тяжелой игрой ark survivial, она в минималке под 500гб требует, и все летает, притом что сервером работала машина 2013 года и древние hdd диски
2. разместить своп на ssd диске (размер обычно сравним с объемом ram или чуть больше - туда linux будет делать hibernate, если надо)
3. Не разделяй систему на разделы типа / /home /var /usr ... этот пережиток прошлого имел смысл когда диски были мизерные, если системой пользуются несколько человек, для /home наверное имело бы смысл выделять отдельный раздел или лучше subvolume (при использовании файловой системы btrfs например) но только чтобы можно было на уровне диска выставлять квоты (вообще то linux позволяет выставлять различные лимиты на уровне пользователя), иначе не стоит заморочек.
Сам linux, в смысле его корень можно размещать где угодно, вся крутость linux именно в этом, хоть в в файле-образе диска, размещенном на ntfs на системном windows диске, в сети, в памяти GPU видеокарты (да да, когда то давно для теста настраивал туда своп),... ей будет пофиг
Если какие то задачи в будущем потребуют выносить файлы на другое устройство, все прекрасно настраивается с помощью симлинков.
4. Linux прекрасно видит файлы windows и работает с ними, прекрасно работает по сети с шарами windows и т.п. наоборот тоже проблем не будет но потребует осторожности (например в windows при настройке сети нужно выбирать не домашняя сеть а сеть предприятия, потому что домашняя с точки зрения извращенной логики майкрософт - это та где человек купил их домашний windows сервер, а в сети предприятия сервер не обязателен, нет наверное все можно настроить, samba очень крутой продукт, но проще делать так)
5. Файловая система btrfs, отличная альтернатива дефолтной ext4, и хотя она все еще не рекомендована как надежная (заявлены недоделки в их встроенном raid5...6), ее предлагают использовать инсталяторы как норма, это COW-файловая система, очень надежна в плане нештатных выключений, встроенные снапшоты (не понижают производительность),
сжатие файлов налету, дедупликация (обывателю настроить проблематично) и много чего.
итого:
ssd (gpt диск):
* efi boot - 100mb (нужен если загрузка будет использовать uefi, можно установить только если установщик в режиме uefi)
* bios boot - 1mb (нужен если gpt а не dos разбиение)
* linux /boot - 512mb, нужен если рут linux размещен в bcache или еще где то нестандартно, если же просто ext4/btrfs/... то не нужен
* swap
* ssd cache - bcache
hdd:
* ssd cached device - bcache (причем даже не нужно создавать разделы)
Поверх bcache разместить btrfs файловую систему, с корнем linux в subvolume по умолчанию (он так и зовется /)
В настройках /etc/fstab использовать не имена дисков а их UUID=xxxxxxxxx (узнать можно lsblk - удобная утилита тогда все будет автоматически подцеплено и примонтировано и не важно какой порядок дисков)