exe содержит машинный код x86 (или x86-64), который до недавнего времени "аппаратно" исполнялся на x86-процессоре. тут x86-код будет "самым низким уровнем".
современный проц - сложная хитроумная структура, которая машинный x86 код преобразует в risc-код и исполняет только его. т.е. есть набор аппаратных risc-ядер, которые эмулируют работу x86 ядра.
тут x86-код не будет "самым низким уровнем", хотя за пределами процессора об этом никто не догадывается :)
микрокод собственно и описывает систему преобразования x86 в risc-код.