На флешку Linux ставится точно так же, как на любое блочное устройство (так же как наHDD, SSD). Поэтому, как и для HDD/SSD можно поставить рядом (в разные разделы) несколько дистрибутивов Linux, так же это можно сделать и на флешку. Причём, если все дистрибутивы будут Debian-based, то всё можно проделывать неспешно, воткнув флешку в порт и накатывая на неё всё через debootstrap, не мешая обычной работе на своём ПК.