мучался и тестировал на всех доступных фс, кроме рейзера так как он умер
пришлось остановиться на ext4 особо альтернатив нет для мелких файлов, хоть в базу их пихай, но в случае если вы их дописываете это не особо подойдет
так же рекомендую уменьшить и сделать три уровня папок вместо двух
так же структуру можно хранить в бд и не опрашивать папки на наличие в них других папок , то есть обращаться напрямую в файлы
по форматированию и монтированию использую сейчас что то типо такого
mkfs -t ext4 -m 0 -O dir_index,filetype /dev/vg0/lv0
tune2fs -o journal_data_writeback /dev/vg0/lv0
noatime,nodiratime,noacl,data=writeback,commit=15
производительность все равно оставляет желать лучшего, хочется просто самому сесть и написать базу данных для мелких файлов с офигенной производительностью
