Наверное ext4, как самый мейнстрим, с которым работают около 80% пользователей. На втором месте наверное xfs, далее все остальное. Для восстановления, в случае чего, я бы выбрал vfat, так как прочитать его, в случае чего можно где угодно, а данные хранил бы в tar-формате, который плюет на испорченные куски своего архива.
Собрав все мысли вместе: VFAT + tar.