1)Ввести минимальную стоимость первого часа поддержки, то есть 400 рублей берете всегда хоть пять минут хоть 1 час. Это совершенно нормально. У меня есть клиенты, которые часто обращаются по мелким задачам, я им билю минималку пол часа то есть половину от $50 в час, это совершенно нормально, если клиент хочет дергать часто и по пять минут он может купить пакет поддержки на месяц за н долларов и дергать уже потом.
2)Клиент всегда платит, то ест ь обязательно включать в счет при обрыве на стороне клиента.
3)Не надо ничего объяснять по сути клиенту, а сказать что время было потрачено не на него и ему в счет не войдет. Ну при звонке конечно надо сказать что так и так подождите надо ответить на звонок.
4)Да брать как за три часа, просто такая оплата дисциплинирует не радивого заказчики и он либо тупо готов платить потому что ему это вогодно либо будет сразу ставить задачу настроить на трех компьютерах.
5)По часам либо же продавать пакетами, у меня есть стандартный пакет супопрта за 200 баксов там кроме срочного супопрта при падении проекта входит челых 3 часа на общие таски.
Подумайте нанять отдельного человека для суппорта и сделать из этого доп бизнес. Программы зачастую без суппорта не особо нужны.