По субьективным ощущениям (тестов не проводил) на скорость работы компа влияет количество обьектов в папке профиля, в т.ч. в документах и на рабочем столе.
Именно количество, а не размер: если так нужен мусор на рабочем столе, лучше упаковать мусор в архивы, а ярлыки - рассовать по папкам. Так будет все работать гораздо быстрее.
Виновата тут скорее всего ФС. Кто работал с большим количеством обьектов, наверняка замечал, что в папке могут быть сотни тысяч обьектов, и они никак не проявляют себя, пока не откроешь папку - вот тогда начинаются адские тормоза.
Т.е. виновато то, что профиль постоянно открыт (системой и многими приложениями), и туда очень часто идут обращения, так что размещение там лишнего крайне не рекомендуется.
А причина тормозов, в т.ч. с папками на рабочем столе, ярлыками, и Пуском - не количество памяти, а обращения к диску.
При обновлении рабочего стола система вынуждена переоткрыть каждый ярлык, т.е. скачать с диска и распарсить каждый файл ярлыка, найти и подгрузить к нему иконки, открыть папку, на которую ссылается ярлык (а это генерит еще один шквал обращений к ФС), проверить ссылки на запускаемые файлы, и кто знает что еще. И так для каждого ярлыка.
Если на рабочем столе лежат папки - ситуация еще хуже: для каждой папки система должна отрисовать значок содержимого, для этого она открывает папку, и проверяет каждый файл в ней, и если находит медиафайлы - парсит их, генерит иконку, потом выбирает несколько иконок, и из них генерит иконку папки. При этом внутрь подпапок она не заглядывает. Поэтому простое рассовывание мусора по папкам спасает - даже если обращение будет в папку, где лежал мусор, подпапку с мусором никто сканировать не будет, а значит и мусор останется нетронут, и эти сотни тысяч файлов никак не затормозят систему.
И все это относится не только к рабочему столу - а вообще к любым видимым папкам и файлам в проводнике, и к тем, куда обращаются разные программы (всякие документы, local, и т.п. проходные папки, гуда суется каждая прога).
Поэтому так популярны альтернативные ФМ, которые не страдают подобной фигней, не генерят тонны запросов к диску ради украшательства.
Незаметно все это может быть, только если у вас SSD. Но незаметно - не значит хорошо: пусть все-это сьедает небольшую часть i/o SSD, но тем не менее сьедает, и бесполезно - лучше оставить эти ресурсы другим приложениям, тем более производительность SSD на таких мелких операциях очень и очень конечна, порядка 50-70Мб/с, и ее легко выжрать.
Ситуацию осложняет NTFS - при каждом обращения к файлу она переписывает его аттрибуты (время последнего доступа), и тут же скидывает их на диск (синхронная запись, в обход буферов), это сьедает до половины скорости диска. Эту фичу можно выключить, и значительно облегчить жизнь диску. Да и SSD не к чему постоянная перезапись MFT.
Ну и как бонусом, поверх всего этого цирка сидит служба индексации, и постоянно мониторит системный диск, генерируя лишние запросы. Ее тоже лучше убить, а для поиска использовать более быстрые инструменты, вроде Everything или SwiftSearch.
