Занимаюсь front-end. Пишу на JavaScript, изучаю Node.js. Но понимаю что нужно знать как что работает. Протоколы и прочее.

Как что работает надо знать и фротендеру и бекендеру.
0)Самое главное понимать какой технологией лучше воспользоваться, для того чтобы сделать ту или иную задачу, нода - не серебрянная пуля
1) Асинхронность, синхронность
2) Протоколы http 1.1/http2 - в чем разница в них
3)вебсокеты
4)такие вещи как redis,memcached, уметь сочетать их работу,с реляционными базами
5)хорошие знания SQL
6)Почитать все что вам интересно, вы не найдете книги прочитав которую вы станете все понимать, и хорошо во всем разбираться, самая лучшая книга это документация(но бывают исключения), и конечно же опыт чем больше пишете тем быстрее приходит понимание определенных вещей.