Проблему надо искать не в MySQL а в
прикладном коде который эту нагрузку создает. Я так понимаю что это либо PHP либо Python либо Node приложение. Смотрите какой там размер пула коннектов. Допустим 20. Сделайте 10 и повторите наблюдение.
Есть шаблоны
ограничения нагрузки такие как Cirquit Breaker. Почитайте в этом направлении.
Я пробовал включать лог медленных запросов
Медленных может не быть. Если допустим это крупный магазин - то он может создавать
тысячи мелких запросов которые в общей своей массе создают нагрузку но в категорию медленных все равно не заходят.
хостер VDS включает троттлинг
Это очень плохо. Зачем такой хостинг нужен. Это искажает картину анализа происходящего.
Найдите другой хостинг. Или не покупайте виртуалки. Купите сразу MySQL как услугу. Может
это будет дешевле стоить и обслуживаться проще.
Можно ли как-то реагировать не аномальное возрастание нагрузки на mysql
Реагировать должно само приложение. Разговаривайте с разработчиками. Они знают что за
SQL запросы работают и у них диапазон возможностей гораздо шире. Пусть кешируют. Пусть
больше логики переносят на приложение.
Админ или девопс конешно может написать
баш-скрипты которые отстреливают процессы,
но какая с этого польза для бизнеса? Задача делается как раз для
предоставления
услуги. Вот надо и в этом направлении работать.