1. Имхо, джуну книги по бд не нужны, к тому же на русском годных книг по БД просто нету, впрочем на русском очень мало достойных книг так или иначе связанных с ИТ..по этому лучше читай документацию с офф сайта.
Ну а вообще БД в целом это громко сказано. Они бывают разные
Для начала тебе будет достаточно прочитать это.
СУБД (твой выбор)
https://habrahabr.ru/company/mailru/blog/266811/
Безсхемный подход (NoSQL)
https://habrahabr.ru/post/152477/
2. "Котлеты отдельно, мухи отдельно", все должно быть разделено, но при этом связанно.
Об этом почитай
Связи по внешнему ключу
https://habrahabr.ru/post/193380/
3. Возможно ты имел в виду какую базу данных использовать. Я бы тебе посоветовал postgresql, но будет православно если ты начнешь с mysql, т.к если возникнут вопросы то по mysql в рунете ты найдешь больше инфы.