Чем не устраивает sed?
mysqldump large_database |sed 's/old_domain.com/new_domain.com/g' > new_dump.sql
Только про бэкапы не забывайте.

Скорее всего 443 порт уже слушает apache или кто-то ещё.
sudo netstat -luntp|grep 443
покажет вам pid и имя процесса, кто занял порт.

Я так понимаю, что у вас единственный server{} который слушает 443 порт - это ваш mydomain.ru , соответственно все запросы по https попадают на него.