ky0

Прокидывай секреты через переменные среды. Благо по умолчанию IConfiguration умеет работать со слоёными конфигами, где по порядку применяются следующие слои:
1. appsettings.json
2. appsettings.Environment.json
3. переменные среды
4. аргументы командной строки

Соответственно никакие трансформации не нужны - можно спокойно пушить конфиг в репозиторий, заменяя секреты какими-нибудь заглушками (например мы туда кладём строки, которые похожи на тот секрет, который должен быть)

Локально (на машине разработчика) переменные среды можно хранить в .env файлах, либо можно продолжать иметь дополнительные appsettings - это тоже ок.

При разворачивании образа, повторюсь, прокидывай секреты в переменные среды.

Так делают почти все, и все оркестраторы умеют с этим работать и прокидывать в переменные среды контейнера значения из каких-нибудь файлов или даже из хранилища секретов типа vault.

lamp

apt update
apt upgrade
apt install apache2
apt install php
apt install mysql-server

половину этого текста можно выбросить если открыть официальный мануал от Microsoft и почитать как надо работать с их контейнерами
Вот их контейнеры. с установленным дотнетом и всем чем надо https://hub.docker.com/_/microsoft-dotnet
Вот официальная дока https://learn.microsoft.com/en-us/dotnet/core/dock...

Просто билдите свое приложение, закидываете его в этот контейнер и стартуете его.