Вам же пишут, с двумя восклицательными знаками: InnoDB buffer pool / data size: 128.0M/5.1G
128 метров - это значение по умолчанию. А должно быть 90% памяти, выделенного для БД
И этой памяти должно хватать для всех индексов
Собственно, вот же оно написано вам прямым текстом:
Variables to adjust:
join_buffer_size (> 256.0K, or always use indexes with JOINs)
performance_schema = ON enable PFS
innodb_buffer_pool_size (>= 5.1G) if possible.
innodb_log_file_size should be (=16M) if possible, so InnoDB total log files size equals to 25% of buffer pool size.
Только если памяти действительно 4 гига, то не надо делать 5.1. 3.5 будет достаточно