Это скорее к настройке сетевой подсистемы ОС (у того же дебиана, например, дефолтные настройки на гигабит не расчитаны), а не к FTP-серверу. Забит-то у вас исходящий канал - а проблемы почему-то со входящим.
Вообще, шейпинг трафика, как уже подсказал Константин, выглядит вполне уместным. Это можно сделать, опять же, на уровне фаерволла ОС.
Самый лёгкий дистрибутив, обычно использующийся, например, для докеризации приложений - alpine. Но поверх винды в принципе, разницы нет - она тут совершенно лишняя, как и WSL.
Раз с оплатой лицензий у вас туго - какая вообще винда? Ставьте РеактОС, мучайтесь. Пиратить на работе - это не только сильно наказуемо, но и в целом фу.
подскажите какие 100% требования есть в обновлении сертификата?
Мочь подтвердить владение доменом с помощью размещения файла в каталог .well-known или добавлением DNS-записи в соответствующую зону. В первом случае нужен настроенный веб-сервер, во втором - настроенное подключение к API DNS-провайдера.
Удивлюсь, если кто-то согласится бесплатно дебажить ваши туннели. Курите логи подключения, ищите сообщения об ошибках, это полезно в долговременной перспективе.
Внутри виртуалки можно показать сколько угодно ядер - это не гарантирует, что вам дадут нагрузить физический процессор/ы полностью. Если сервер не ваш - проще всего уточнить у хостера. Если ваш - вопрос становится тривиальным.