Окей, не будем предлагать пакетные менеджеры - это навык, развивающийся постепенно, несколько-то систем вам будет полезно засрать вручную установленными непонятно куда из исходников программами...это как стадия двух антивирусов или любви к различным клинерам или "фанатским сборкам" на винде, никуда от неё не денешься.
Ну, если за семь лет мускул вам не осточертел своей кривотой, теперь пользы от перехода с каждым годом становится всё меньше, поскольку за этот период он избавился от большинства своих недостатков. С другой стороны, знать и уметь две СУБД завсегда лучше, чем одну.
Если сертификат валидный, попробуйте обновить пакет ca-certificates. В противном случае нужно добавлять соответствующий корневой сертификат в хранилище ОС.
Зачем переносить базу на другой диск, если у вас и первым практически никто, кроме мускуля не пользуется (если, конечно, апач не обрабатывает тысячи одновременных запросов)? Нужно повышать производительность дисковой подсистемы, а не менять шило на мыло.