Хостинг-компании не сайты мониторят (если они не расположены на разных экземплярах веб-серверов и СУБД), а пользователей или виртуальные машины. Некоторые шареды так и вовсе просто ставят конские ограничения, так что даже при большом желании сильно нагрузить сервер не удастся - скрипты и запросы в базу будут автоматически убиваться по таймауту или превышению потреблённых ресурсов. А те, у которых VPS - не смотрят, что происходит внутри, т. е. кто генерирует нагрузку, ограничиваясь только её наличием в принципе.
В вашем случае - я бы разнёс сайты (или группы сайтов) по разным контейнерам и мониторил бы их по отдельности. Разумеется, в этом случае будет некоторый оверхед по памяти из-за использования нескольких баз и веб-серверов.