Зачем переносить базу на другой диск, если у вас и первым практически никто, кроме мускуля не пользуется (если, конечно, апач не обрабатывает тысячи одновременных запросов)? Нужно повышать производительность дисковой подсистемы, а не менять шило на мыло.
Отдавайте поддомены урлами типа example.com/subdomain1/, тогда будет достаточно одного сертификата, либо покупайте wildcard-сертификат, либо (рекомендую именно этот вариант) заведите себе сертификаты от Let`s Encrypt, каждый из которых позволяет добавлять до ста имён.
Завсисит от того, какие запросы вы собираетесь выполнять по этим данным и сколько они будут весить. В общем случае - одна таблица лучше, т.к. UNION довольно ресурсоёмкая операция.
Это винду переставлять неспортивно, а с линуксом как раз проблем быть не должно, если вы, конечно, не наставили всякого из сорцов методом "configure-make-install".
Делаете отдельные локейшены для страниц, которые проксировать не нужно и основной - для всего остального. Важно, чтобы у первых был более высокий приоритет, например, точное совпадение, а не префикс.
