Борис Сёмов

Конечно нужен. Хотя бы, просто для того, чтобы была возможность физически подключить столько SAS дисков.
Без него там есть только 6 x SATA3 6Gb/s ports, 4 из которых, на разъёме miniSAS HD, но при этом всё равно SATA.
И да, если вы подключаете SAS диски, то вам нужен контролер с SAS портами.

Если задержки не до вашего роутера, то нужно менять провайдера, т.к. на преоретизацию трафика за границами своей локальной сети вы повлиять не сможете.

Внутри локальной сети, куда больший эффект может дать отказ от wifi, например, чем преоретизация трафика. Т.к. обычно, там задержки связаны не с перегрузкой сети, а с помехами, потерями пакетов и повторной их посылкой.

Проверить где именно задержки и потери пакетов, можно, например, с помощью winmtr(winmtr.net/).

Если вам надо, чтобы скрипты обрабатывались на нескольких машинах, и имели общую базу, это можно сделать в частности, с помощью DNS.
Для одного домена можно создать несколько A записей с разными ip. Приложение будет запускаться на нескольких VPS, база на одном.

Если хочется и нагрузку от базы разделить, что лучше делать один master, куда будет производиться запись и несколько slave, откуда будут только читаться данные. Это будет проще и надёжнее master-master репликации. Но требует поддержки такой схемы на уровне приложения.

Но если у вас не очень большая нагрузка, лучше взять просто виртуалку по мощнее для базы и не связываться с репликацией. Это намного проще и надёжнее, и даже если это дороже, это сэкономит много сил и нервов.

Самая короткая задержка, это один такт процессора, реализуется инструкцией NOP (no operation).
Длительность её, зависит от тактовой частоты процессора. А в случае ARM, ещё от режима работы.

Зайти через ipkvm.
Или перезагрузиться в режиме восстановления, если такая возможность есть у хостера.

Перед апачем стоит поставить nginx, как reverse-proxy, чтобы процессов апача стало меньше.
Проверить установлен-ли кешер опкода php, и достаточно-ли ему выделено памяти.
Если приложение может работать под php 7+ убедиться что он и используется.
Посмотреть настроен-ли ваш сервер БД, под ваш проект.

Но, конечно, не стоит ждать чуда - использование кеширования или оптимизация приложения может дать куда больше, чем настройка окружения и вряд-ли ситуация коренным образом изменится...

Выложить сайт на нормальный хостинг.

У вас всё сделано для того, чтобы всё было очень медленно:

• Старый, медленный процессор.
  
• Ноут, где всё рассчитано на понижение энергопотребления, а не на скорость работы.
  
• Виртуализация, которая даёт дополнительные накладные расходы.
  
• Всё это ещё, небось, на домашнем инете, с неизвестным качеством исходящего канала и не прогнозируемыми задержками...
  
• До кучи, небось, никто не настраивал тот же mysql, например. Да и вообще, ничего никто не настраивал - панелька поставлена и ок, а на самом деле, панелька тут вообще не нужна.
  

RS485 это не шина к которой можно подключать разные устройства, это соединение между двумя устройствами.
Вам нужно повесить устройство на каком-нибудь контроллере, а на нём уже реализовать нужные вам функции, которыми вы будете управлять через RS485. Или протянуть несколько линий RS485 и подключить отдельные устройства.

Разбирать user agent на уровне iptables не лучшая идея - там проверку будет проходить каждый пакет и это будет весьма накладно по ресурсам. К том же, это не будет работать для https.
Блокировку по user agent можно делать на уровне веб сервера.
Или логировать веб сервером попытки, и блокировать через iptables с помощью fail2ban, например уже по адресу.

Я бы проверил величину и стабильность напряжения в цепи питания памяти. Не проседает-ли оно, или нет-ли не стабильности при двух планках?

20-30% разницы и будет, в зависимости от конкретных операций.

Нет, таких программ, но наверное, есть сервисы. Единственный вариант, это проксировать запросы через какой-то внешний сервер с белым ip, до которого нужно установить туннель со стороны домашней машины, с помощью openvpn например, или даже ssh, если надо временно.

Проблема не с KeenDNS, а в том, что к вам не маршрутизируются входящие соединения в принципе.
Т.е. ни одно DynDNS подобное решение не подходит просто по своей сути - проблема не в том, что у вас не постоянный адрес, проблема в том что он просто не доступен извне.