У Xen есть XenDesktop и XCP ;) Можно попробовать скрестить.
Вообще же — пул машинок со стораджем, внутри него XCP/Eucalyptus/RHEV/whatever. Доступ к машинам — через X2Go (внутри локалки будет работать сильно быстрее любого другого решения более или менее открытого). 1 виртуалка = 1 пользователь. Пользователей приучить через панель управления запускать и стопать виртуалки (или если ресурсы позволяют — ничему не учить). Как-то так больше всего похоже на то, что вам нужно.