Если один PHP, а другой Tomcat, то можно сделать через один главный Apache: первый виртуальный хост использует mod_php, а второй mod_jk. Этот mod_jk будет подсоединяться к Tomcat, который может сидеть на любом порту.
Вариант с прокси сервером впереди (например, nginx) тоже вполне рабочий, но там больше настраивать и надо будет поднимать новый сервер.