Под *nix обычно и имеют в виду Linux (изредка - +FreeBSD).
Зачем IT-нику знать особенности ОС, на которой крутится 90% серверов в мире, с которыми он взаимодействует? Ну незачем, пишите дырявые сервисы и запускайте их на winserver стоимостью в пару десятков тысяч рублей за лицензию, чего уж там.

Не совсем.
Делают они одно и то же только для location /.

Если у вас, например, location /img, то при
root /var/www ссылка /img/1,jpg будет вести в файл /var/www/img/1.jpg

а при alias /var/www та же ссылка будет вести в /var/www/1.jpg.