Можно использовать xrdp, тогда логин происходит так же, как и в Windows. После логина открывается рабочий стол со всеми пользовательскими настройками. И работа, соответственно, через rdesktop, например. Форвардинг портов при подключении по SSH на localhost, чтобы работа шла через ssh-тунель. Работает при помощи VNC сервера.