Юрий Лобанов

Вот так это делается.

Программисту нужно уметь получать удовольствие от вещей, от которых никто в здравом уме удовольствия не получит. И не думать при этом о деньгах. Тогда они сами придут.
И главное никому и тем более себе никогда не говорить "отлично знаю %что угодно%".

Лучше для таких целей использовать аттрибут data-
Например, data-title="Содержимое атрибута title" будет вполне валидным и не отобразиться.

window.a = 5;
или просто
a = 5;
без указания var

jquery.scrollto

А вообще неплохо бы в гугле сначала смотреть

В шапке прописали jquery ?
<script src="bootstrap/js/jquery.js"></script> ?
Что бы работало, нужно так же написать функцию обработки.

<script type="text/javascript">
    $(function () {
        $("[rel='tooltip']").tooltip();
    });
</script>

Странно, что никто не сказал про рендеринг.
Всякие CSS3 фишки весят меньше, но рисуются на клиенте. И каждая перерисовка будет заставлять браузер перерисовывать и эти ваши модные штуки. Таким образом, скорость работы сайта, перегруженного css3 может быть заметна глазу на слабых машинках — это уже не хорошо.
С другой стороны, как уже много говорили, перекрасить картинку — автоматически крайне сложно, иногда нереально, а перекрасить css3 — не сложнее, чем скушать печеньку.
Нужно искать золотую середину. Не использовать новомодные штуки там, где они не нужны, и стараться использовать там, где будет полезно, даже если для ie6/7/8/9 придется делать отдельные стили. Их все равно придется делать отдельно.

А что мешает делать ширину ползунка равной отношению текущей прокрутки на всю длину страницы?

$(window).scroll(function(){
    var ratio = $(document).scrollTop()/(($(document).height() - $(window).height()) / 100);
    $("#progress").width(ratio+"%");
});

Демо

А такой вариант без js вам не подойдет ?
http://codepen.io/delch/pen/FndbG

JavaScript это язык программирования, jQuery - фреймворк. В любом случае возможно какие то базовые вещи с jQuery вы сделать сможете, но тут все равно без знания самого языка никак не обойтись. Есть отличный учебник по основам (и не только) JavaScript, так что дерзайте.

А чем задается такой стиль? Может, это htmlbook.ru/css/outline — тогда просто определить как outline: none !important.