Я бы сказал, что смотреть надо по ситуации. Если предполагается блочная модель элементов меню, то взять список, который уже блочный. Если строковая - то второй вариант. Ясное дело, что display можно переопределить, но чем меньше телодвижений, тем лучше.
А бездоказательно - мне больше нравится вариант со списком. Не то привычка, не то эстетика кода - без списка как-то куце выглядит.
Кроме того, внутри nav можно задать несколько списков, и раскидать их по левому и правому краю. Если использовать ссылки, то все равно придется оборачивать эти группы в контейнеры.
