Юрий Лобанов

Вы используете fadeTo, найдите везде, где используется по коду и измените параметр видимости (по ссылке смотрите).
Например, вместо
banner.find('a').fadeTo(1, 0.00)
попробуйте
banner.find('a').fadeTo(1, 0.5)

Все зависит от того, когда должен запускаться второй скрипт. Скорее всего достаточно просто включить текст между открывающим и закрывающим тегом script в конец первого скрипта.
Но в чем смысл такого объединения? Я бы советовал поступить по другому, все вызовы функций хранить в отдельном скрипте application.js и подключать его после всех скриптов.

upd:
Нужно смотреть ошибки. Повторяю, все зависит от того, где на странице Вы его вызываете.
проследите за тем, чтобы плагин (с включенным вызовом) стоял после подключения jquery.
Попробуйте поставить все перед закрывающим тегом body:

подключаете плагин (в Вашем ответе второй вариант, без тегов script)
/body

html5 позволяет оборачивать в ссылку блочные элементы, но по старинке посоветую сделать так:

html
<a class="logo-fut" href="index.html"></a>
css

.logo-fut{
        display:block;
	background:url(images/logo-fut.jpg) no-repeat;
	height:87px;
	width:87px;
	float:left;
	margin:8 3 0 2;
	}

codepen.io/iiil/pen/InDbp
примерно так можно

p.s. Лучше менять текущее меню, чем создавать отдельное новое. Но если новое меню абсолютно другое, то мой вариант легко подправить.

На сайте бутстрапа все ок, собственно никаких проблем и не должно возникать. Так что ждем ссылки или кода.

upd:
попробуйте добавить класс navbar-collapse

<div class="navbar-collapse container-fluid nav-collapse collapse">
...
</div>

И чего Вы хотите? Вы сами же рамку ставите выше всех элементов! Или Вы думаете, что прозрачная часть изображения должна пропускать Ваши действия? Есть вариант, но он будет не кроссбраузерным. Лучше сделать рамку другим способом.

upd: вариант - погуглите css pointer-events

Вот так, например, с помощью jquery
codepen.io/iiil/pen/gzKsf

codepen.io/iiil/pen/tdAbu