Json Shema - валидный JSON, поэтому:
- Декодировать json(схему)
- Пробежаться по полученному вложенному массиву, и каждый раз когда в ключе попадается "$ref", заменять это поле целиком на объект, путь которого в значении(ссылке).
Придётся лишь чуть-чуть повозиться с тем чтобы корректно преобразовать адресс ссылки в абсолютный путь в массиве.
Upd: Но возможно это не самая лучшая затея, т.к.
$ref
это не просто сокращение синтаксиса, но ещё и возможность рекурсии (
дока), которую вы не сможете развернуть без ссылок.