Я бы попробовал:
1. создать тестового пользователя с такими же настройками, кинуть туда документов а-ля работа…
2. Сделать бекап 2003 ntbackup этого каталога дл всех пользователей. и распаковать уже в новое место.
3. Сохздать новую политику перенаправления на оргюнит, в котором будет отдельно жить тестовый пользователь.
4. Обновить политики gpupdate /force на КД, серверах, машинке, с которой будет логиниться тестовый пользователь.
5. зайти под тестовым пользователем, проверить, всё ли ок.
6. перенести пару рабочих пользователей в новый OU.
7. обновить политики на их машинах и зайти уже под ними.
Если всё работает, в один из выходных потушить все машины пользователей, чтобы закрылись шары, обновить политику для всех пользоватей и утром в понедельник разгребать косяки, если будут.