Не слушайте этих болтунов. Для комментариев идеальный вариант — Materialized Path (уважаемые коллеги, кто предлагает Nested Sets, вы пробовали прикинуть, сколько обновлений придется сделать при вставке комментария перед 100 существующими? а перед 200?). Проблема дорогой вставки частично обходится переходом на дробные left и right key, но это сложно.
Недостатки Materialized Path: ораниченная глубина комментариев (но можно поставить например 16 или 32 — это почти всегда хватит), ограничение на число дочерних комментариев (опять же, ставим цифру типа 65536 и не паримся — вряд ли на вашем сайте будет столько ответов).
Смена родителя комментария — дорогая и сложная операция, но я не знаю, где это требуется.
Плюсы: дешевая вставка (1 обычный INSERT), дешевая выборка (1 SELECT с индексом).
Вывод: слушайте лучше мои умные советы а не этих болтунов.