Файлы на ПК хранятся в Моих документах и на Рабочем столе, благо к этому я людей приучила
Зря вы их так научили.
Теперь переучивайте хранить на сервере.
Сотрудник ведет проект и хранит все данные в папке на сервере.
К этой папке имеют доступ все кому надо, и не имеют все кому не надо.
За выкладывание мусора, хлама и личных фоток на сервер и вообще бардак в проектах - лишают премии, ругаются матом или увольняют нафиг.
Вопрос именно в том - Что, Как и Где хранить?
То что принадлежит сотруднику - хранить на компьютере сотрудника - его настройки, аккаунты, личные файлы и.т.п.
То, что принадлежит организации хранить на централизованном хранилище организации - документы которые сотрудник создал для организации, и которые могут потребоваться в дальнейшем.