Вообще всё неправильно сверстано. Странно скорее, что оно работает нормально в FF, чем то, что оно глючит в Chrome. По мне, оно не должно работать нигде.
Почему все блоки .flexColumnBlock имеют height: 100%? Высота там нужна только для самого внешнего контейнера. Дальше про width и height нужно забыть и пользоваться только flex-basis, flex-grow, flex-shrink.
В чем вообще смысл использования флекса при таком подходе, ну кроме того, что это модное словечко? Зачем там 2 попеременно показываемых сайдбара вместо манипуляций со свойством order? Если уже переходить на flex-верстку, то нужно принимать и использовать её идеологию, а не усердно грести против течения. Мне кажется, вы её (идеологию) пока не понимаете - почитайте теорию. Либо используйте абсолютное позиционирование, оно проще (я серьезно).