В общем у меня уйдёт на это 2 - 2.5 месяца. Только на основы!

Ну обосраться. Два грёбаных месяца!!!1
До чего докатилась индустрия, что 2 месяца воспринимаются как огромный срок. И всё чаще натыкаешься на статьи, где пишут о годовалых якобы мидлах и трехлетних якобы сеньорах.
Лично я считаю, нужно потратить от 2-3 лет, чтобы начать более-менее прилично и системно ориентироваться в теме. В течении этих лет неоднократно будут возникать моменты, когда тебе кажется, что ты уже достаточно крут - но это только кажется.
Нормальный специалист средней руки формируется около 3 лет. Не гуру, не сенсей, не сеньор - просто крепкий линейный боец. Это много где так, не обязательно в JS. И это нормально.
Хочешь за несколько недель - иди установщиком пластиковых окон, как раз строительный сезон начался.

По поводу того, что flex лучше всегда - это конечно чушь. Есть много простых ситуаций, когда он не дает никакого профита, тогда как старый добрый float решает проблему целиком. Флекс, конечно, тоже решит - но с побочными эффектами в виде неполной кроссбраузерности.
Предложения при этом делать фоллбеки на флоатах умиляют - если всё равно их делать, так не проще ли ими и ограничиться?!

В итоге, ответ на вопрос очень простой - flex нужно использовать там, где он дает конкретные преимущества. Самое очевидное - нужно автораспределение ширины блоков с подстройкой к ширине контента. Или вам нужно менять порядок блоков (свойство order).
Если ничего этого не планируется - flex не нужен! Сейчас уже наплодили сеток и "фреймворков", где flex используется фактически для имитации float-ов! Ну типа же стильно, модно, молодежно. Я ж крутой разработчег, не хухры-мухры.

При верстке каждого блока нужно задавать себе вопрос: "я использую flexbox, чтобы что?" Если на вопрос есть четкий ответ - да, нужно использовать. Если только бла-бла типа "ну это современно, прогрессивно и пр" - использовать старые железобетонные приёмы.

Единственный адекватный вариант - пункт в договоре (так делает например САЛ).
Если фрилансер - можно попробовать устные договоренности (но понятно, что клиент в любой момент может передумать - и это его право).
А за все ужимки с потайным функционалом надо отбивать руки.