как написали выше, ставьте vestacp, устанавливается одной командой, все работает "из коробки", уже потом гуглите про настройку iptables, для базы более чем достаточно
Есть опенсорсные проекты, в которых разработчики пишут, что надо создать/протестить/пофикситить, выберите себе проект и участвуйте в нем, другие разработчики смогут прокомментировать вашу работу так и разовьете навыки работы в "больших командах"
сделайте свой таск менеджер, можно взять друпал и за день-два сделать весь функционал + n-дней сверстать свой дизайн к сайту, для 25 человек думаю- это не сложная задача
Php для изучения ооп как-то ни то, попробуйте изучить RoR, как ни странно, изучая новые языки программирования, понимаешь как работают те что знал раньше...