Переназначенные сектора raw значение 0, значит по smart диск здоровый и высокая вероятность что проблемы с данными - логические.
Постоянная смена windows <-> другая операционная система чревата проблемами из-за windows.
Начиная с windows 8 в ней по умолчанию включен режим гибернации - запись оперативной памяти на диск для моментального ее восстановления после включения, даже когда пользователь выбирает выключение компьютера или перезагрузку, при включенном файле гибернации происходит следующее - завершаются процессы пользователя и делается гибернация (на самом деле там сложнее, зависит от необходимости служебной перезагрузки после обновления например), при включении соответственно система моментально восстанавливает оперативную память и переходит к запуску пользовательской сессии.
Именно этим они достигли такой высокой скорости запуска системы.
Как результат - файловая система при выключении компьютера может находиться в неконсистентном состоянии, не сброшены кеши, не закрыты дескрипторы и не сброшены буфера файлов. Если в таком состоянии к диску полезет (на запись) другая установка ОС (не важно, linux/mac или другой windows) то возможна ситуация, когда логическая структура файлов на диске будет повреждена (это показывает тот факт что чекдиск у тебя уже находил проблемы).
Ситуация не абстрактна, такое случается у многих постоянно (только почему то люди начинают винить linux типа он неправильно файлы пишет).
Решается отключением файла гибернации (как результат медленное включение windows) командой в cmd.exe под правами администратора:
powercfg.exe /hibernate off
После можно файл hiberfil.sys удалить вручную
p.s. логические ошибки файловой системы коварная штука, могут годами быть в файловой системе и не мешать (полный чекдиск не запускается сам) но зато потом так 'выстрелит', мало не покажется.
Очень большие шансы что у тебя именно это и случилось
