Ваш вопрос можно приводить в качестве наглядного пособия на тему "Как именно вылазит боком кривая архитектура системы" :) Основная проблема в том, что интеграция компонент через storage есть зло, рано или поздно (чаще - рано) заставляющее разработчика выполнять стойку на ушах. Так что, если есть такая возможность, постарайтесь устранить зло в корне, т.е. найти способ узнавать об изменениях, ну, или хотя бы о самом факте, до того, а не после. Тогда не придется ничего опрашивать в цикле, а только реагировать на изменения. А это уже - половина проблемы!
Если возможности нет, а делать все равно надо, сначала смитритесь с тем, что Вы никогда на PHP не добьетесь ровненько 86400 вызовов в сутки каждую секунду, если только не поставите ядро реального времени / не напишете соответствующий код на С и т.д. и т.п. Особенно, если storage крутится на том же процессоре в той же ОС, и количесво данных в нем будет со временем увеличиваться. Но это почти наверняка и не нужно, а нужно проанализировать задачу и понять, что на самом деле критично и какие отклонения от идеала возможны без ущерба для функциональности.
"Примерно 0.03с" само по себе еще не о чем не говорит. Это всегда или в случае, если изменений нет, или если они небольшого объема? А если 90% данных обновились? Это - раз. Два: если изменения обнаружены, сколько может занять их обработка (в худшем случае)?.. И, наконец, три: если уже наступила "следующая секунда", а мы все еще не закончили обработку прошлых изменений, возникает целый ряд вопросов. Имеет ли в этом случае вообще смысл проверять новые изменения (сможем ли мы их осмысленно обработать, если найдем)? Если да, понадобится как минимум 2 потока. Если нет, насколько критично пропустить эту секунду? А сколько еще можно пропустить без ущерба для функционала? Предположим, это не критично, и мы уже пропустили секунду (или несколько), что нам важнее: чтоб следующая проверка выполнилась как можно ближе к границе "следующей секунды", или как можно быстрее? И т.д. и т.п.
Не зная ответов на эти и подобные вопросы, невозможно предложить "правильное" решение. Но в качестве сферического коня в вакууме можно посоветовать бесконечный цикл, в котором выполняется проверка, реакция на найденные изменения, после чего вычисляется время до следующей проверки, на которое выполняется sleep().
