avorobiev

Судя по вопросам, Вам надо прочитать документацию getcomposer.org/doc/. Да, она мутновата, особенно в части структуры composer.json, но там все-таки много информации «для начала»:

1. Структура пакета определяется PSR-0 (https://github.com/php-fig/fig-standards/blob/master/accepted/PSR-0.md). Нужно это для работы автозагрузки. Других ограничений на структуру мне не известно. Если не нужна атвозагрузка от composer, а нужно только разворачивание пакета, то нет и ограничения на PSR-0, хотя, по моему, этого стандарта стоит придерживаться в любом случае.

2. У composer есть своя автозагрузка, вам просто надо ее подключить в свои скрипты getcomposer.org/doc/01-basic-usage.md#autoloading. Эта автозагрузка может заменить вашу (если она есть).

3. Я так понял, что есть вопрос о том, как написать composer.json для собственного пакета. Видимо надо прочитать документацию об этом getcomposer.org/doc/04-schema.md, ну и посмотреть как это сделано в существующих пакетах.

4. Наверно еще надо разобраться где вы планируете хостить свой пакет, от этого зависит как его надо будет подключать в проект. Об этом есть тоже в документации.

Нужно вообще не хранить сами конфигурационные файлы в репозитории, а хранить там примеры конфигов.
Например ваш реальный конфиг должен размещаться по пути includes/config.php. Тогда:
1. в репозиторий добавляете файл includes/config.php-distr, который содержит структуру, настройки по-умолчанию, но не содержит никаких паролей и т.п.;
2. путем копирования includes/config.php-distr в includes/config.php и последующего редактирования с вводом паролей и т.п. создаете реальный конфиг. Чтобы он не оказался в репозитории, заносите его в .git/info/exclude.
3. в документацию по разворачиванию репозитория добавляете абзац про создание конфига путем копирования примера с последующей корректировкой.
Если надо что-то изменить в примере конфига — правите includes/config.php-distr и коммитите. Следом руками правите в includes/config.php, но в коммиты это не попадает.