segio_tt

Ну ты умник :) Ты значение переменной $users перезаписываешь с каждой итерацией цикла. Объяви эту переменную как массив и вместо перезаписи добавляй значения в конец. Вот так:

$id = $this->database->all("customs");     //тут получаем все значения из таблицы
$key_all = array_column($id, 'user_id');     //из полученных значений вытаскиваем ключи
$keys = array_unique($key_all);     //убираем ключи с дублирующими значениями
$users = array(); //Инициализируем массив с пользователями
 foreach ($keys as $key) {     
     $users[] = $this->database->whereAll("users", 'id', $key); //Две скобочки решают 
}

Технически 0xD34F верно сказал.
Архитектурно же в v-for не желательно использовать сложные вычисления, правильно сделать computed свойство, возвращающее подготовленный и отфильтрованный массив сразу нужного вида.

Если Вы подключили store в роутер
Как import store from 'ваш путь'
Для того чтобы вызвать actions нужно использовать:
store.dispatch('название события')
По аналогии с вызовом в самом приложении vue.

$i = 0;
$newarray = [];
$arr = ['1.', 'email', 'number', '2.', 'email', 'number', '3.', 'email', 'number'];

foreach($arr as $val) {
  if((($i + 1) . '.') == $val) $i++;
  $newarray[$i][] = $val;
}

print_r($newarray);

$user = new Users()->where('name','admin')->get();
видимо вы это хотели сделать, откуда-то только whereHas достали и зачем-то сюда впихнули.

whereHas это обращение к "релейшену" модели.

(юзаю орм отдельно от ларавеля, т.к задание такое)

использование доки ларавела в которой описан eloquent это не отменяет, там все расписано же подроюно.

Вы всерьёз считаете что
[3, 5, 8]
и
[[0] => 3 [1] => 5 [2] => 8]
Это одно и то же?
Ваш IDE вам ничего по этому поводу не говорит?

https://laravel.ru/docs/v5 - вполне годная и на русском. Меня поначалу смутило что для "старых версий" - но потом оказалось что всё актуальное.

Здесь задавайте вопросы. Правда временами будете нарываться на местных IT-снобов)) но это переживаемо))

Таки попробуйте посмотреть это: https://laracasts.com/series/laravel-from-scratch-2018 - я сам на слух английский тоже почти не понимаю))) но вот именно это - зашло нормально - там понятно без слов)) и это лучшее что я видел из видеоуроков.

Всё получится :)

Никакой. Изучайте разработку ПО, языки программирования, построение архитектуры ПО, алгоритмы, математику и т.д и т.п.

UPD
Приведу немного аргументации и очевидных вещей для тех, кто не понимает почему ответ именно такой. На самом деле все очень просто: в IT индустрии все развивается и меняется очень, очень-очень быстро. И как следствие возникает проблема устаревания знаний и умений. Вот например 15-20 лет назад изучение языка программирования под названием "Дельфи" и популярной тогда его среды разработки для дестктопных приложений вполне имело смысл и было популярным явлением, т.к. оно тогда довольно широко использовалось, или например Perl для создания сайтов. А где оно сейчас? Почему сегодня сайты пишутся на джаваскрипте? А как на счет десктопных приложений? А ведь те же десять лет назад попробуй скажи такое — как бы область деятельности не пришлось менять. И вот такое происходит просто с языками программирования за довольно короткое время. А основа любого CMS, фреймворка и иже с ними — это как раз таки язык программирования. И вот за время жизни языка программирования в нём случаются новые стандарты, изменения и прочее, а популярное ПО на нём переписываются десятки и сотни раз. Т.е., изменчивость продуктов какого либо языка зависит как от самого языка так и от его популярности. И чем они выше — тем чаще что-то меняется. Из всего этого вытекает очень логичный вывод: в долгосрочной перспективе выгоднее те знания, которые не устареют как можно дольше. И вот тут как раз таки знания разработки ПО и языков программирования, построения архитектура, алгоритмы и прочее имеют наибольший срок устаревания. А уж сколько тысяч лет математике можно и не вспоминать. А она, кстати именно благодаря стремительному развитию IT тоже развивается очень быстрыми темпами. Так вот, при наличии вот таких фундаментальных знаний можно легко и быстро осваивать любые новые фреймворки, CMS, языки программирования и прочее. А уж при наличии подробных мануалов, гугла, форумов и прочего большинство задач сводится тупо к вбиванию "как сделать YYY в ZZZ" в строке поиска (я вот например никак не могу понять ход мыслей людей, которые задают вопросы на форумах и прочих ресусах, ответ на которые выдается в первых же строчках гугла, складывается впечатление, что они вообще первый раз в интернете и про гугл не знают вообще ничего).
Если есть желание именно в изучении CMS — ставим себе задачу и решаем её используя разные CMS, далее выбираем наиболее понравившуюся и пользуемся пока не надоест или не устареет. А после — повторить.

Немного перефразирую сам вопрос и соседний популярный ответ:
— Каким инструментом учиться пользоваться начинающему строителю?
— Учись использовать молоток и гвозди, леса полно, доски везде используются.
Вот только строительство — это не одни только доски, в которые забиваются гвозди, а еще архитектура, сопромат и иже с ним, экстерьер, интерьер, отопление, освещение, канализация, вентиляция и еще куча всего. Аналогично и во всех остальных областях, в том числе и web разработке.

$a = 10;
$a = $a - 1; // 9
$a = $a + $a; // 18
echo $a;