Если от простоя рабочего компа никому не будет плохо, то можно перезапуститься в режим восстановления (или каким ещё методом добиться того, чтобы раздел, который монтируется в "/" (например, "/dev/sda1") был read-only), а дальше «dd if=/dev/sda1 of=/dev/sdb1 bs=8M», где /dev/sda1 — установленная система (можно узнать, подав команду «mount» в работающей системе), а /dev/sdb1 — раздел на флешке.
Затем перезапуститься надо, в grub руками загрузиться на флешку (что-то вроде «set root=(hd1,1)», «linux /boot/vmlinuz3.2.1 root=/dev/sdb1», «initrd /boot/initrd3.2.1», «boot», естественно, заменив чиселки на нужные), в запущенной с флешки системе поиграться с "/etc/fstab", чтобы повысить скорость работы, дать команды «grub-install /dev/sdb», «update-grub». Ну и, вроде, всё.