Не особо слежу за юзерским софтом для клонирования дисков, т.к. по работе под рукой есть более серьёзные решения, но когда требуется что-то подобное, мы обычно используем шестнадцатеричные редакторы.
Вот бесплатный для домашнего использования:
https://rlab.ru/tools/ci_hex_viewer.html
Там удобство в том, что вы можете сделать образ так, как захотите - весь диск, что-то отрезать в начале или в конце, после заливки образа, например, заполнить оставшееся пространство нулями и т.п.
Hex-редакторы дадут вам несжатую посекторную копию ("бинарный образ"), с которым потом можно по-всякому работать. По-моему, даже современные архиваторы умеют их открывать и вытаскивать отдельные файлы.
Если же говорить о специальных программах, то раньше мне нравился Norton Ghost. Поговаривали, что какая-то его версия (будучи отделённой от всего Suite) даже была сделана бесплатной, однако, подтвердить это не могу.
Для тех версий, которые входили в Hiren's Boot CD, по-моему была даже загрузочная
дискета, которую, понятно, можно раскатать и на флешку.
Образ, созданный такими программами, уже будет проприетарным, т.е. посмотреть его можно только утилитами производителя, но из плюсов можно выделить возможность сжатия.