Если потерять недавнюю установку на ССД не жалко, то попробуйте установить Виндоус ещё раз, перед этим отключив HDD физически или в BIOS.
Если и это не поможет, то после установки запустите на HDD тест записи программой наподобие
R.tester. Тест не обязательно полный, достаточно 10-15%. Это затрёт начало диска, после этого с ним можно будет работать.
Тест можно пробовать запускать как из свежеустановленной ОС, так и с загрузочной флешки, предварительно подкинув туда Р.тестер. Установки он не требует, достаточно распаковать.
Однако помните, что тест записи уничтожает данные безвозвратно, так что сначала скопируйте куда-то всё важное. Также убедитесь, что на жёстком диске у вас нет раздела восстановления, ключа Windows и подобных вещей, добавляемых многими производителями компьютеров при продаже.