Если в "Настройки модулей - Главный модуль" и "Нстройки - Сайты - Список сайтов (в активный сайт )"
Данные разные указаны (домены) -  начинается проблема с сессиями
Скинем на дефолт - 
Код вставим в страничку и откроем ее.
<?
        // Вместо "main.ru - свой домен
 COption::SetOptionString("main","server_name","main.ru");
	COption::SetOptionString("main","site_name","main.ru");
        // Убераем из Нстройки - Сайты - Список сайтов (в активный сайт )
	$obSite = new CSite();
	$t = $obSite->Update("s1", array(
		'ACTIVE' => "Y",
		"SERVER_NAME"  => "",
		"DOMAINS" => ""
	));
?>
Поможет.