Если в "Настройки модулей - Главный модуль" и "Нстройки - Сайты - Список сайтов (в активный сайт )"
Данные разные указаны (домены) - начинается проблема с сессиями
Скинем на дефолт -
Код вставим в страничку и откроем ее.
<?
// Вместо "main.ru - свой домен
COption::SetOptionString("main","server_name","main.ru");
COption::SetOptionString("main","site_name","main.ru");
// Убераем из Нстройки - Сайты - Список сайтов (в активный сайт )
$obSite = new CSite();
$t = $obSite->Update("s1", array(
'ACTIVE' => "Y",
"SERVER_NAME" => "",
"DOMAINS" => ""
));
?>
Поможет.