Один раз делаете полную копию сайта для любого из разработчиков на любую машину и разворачиваете. 
Ставите галочку "версия для разработки" в настройках обновления системы. 
Дальше работаете с гит как обычно. 
С миграциями разобрались — молодцы. 
Папку Битрикс можно практически полностью исключить из гита, за исключением папок установленных нештатных расширений и модулей, но и их можно перенести в local. 
Ну можно отладочные домены дописать в настройки сайта.
Готовых примеров файла .gitignore для Битрикс полно в сети.