Основной "вес" бандла составляет ангуляр
Ломается так же из-за кривой архитектуры ангуляра, которая завязана на имена аргументов функции
Чтоб ангуляр не парсил аргументы функции, самой функции нужно присвоить свойство $inject - массив аргументов:
'use strict';
import $ from 'jquery';
window.$ = $;
import angular from 'angular';
window.angular = angular;
function myAppModule($rootScope, $http) {
alert(1);
}
myAppModule.$inject = ['$rootScope', '$http'];
let app = angular.module("myApp", []).run(myAppModule);