Vitsliputsli

WITH news_images AS (
    SELECT news.id news_id, min(images.id) images_id FROM news
        LEFT JOIN images ON news.id=images.id
        GROUP BY news.id
        LIMIT 10
)
SELECT news.*,images.* 
    FROM news_images
    JOIN news ON news.id=news_images.news_id
    JOIN images ON images.id=news_images.images_id

SELECT
        CASE WHEN status="В наличии" THEN 1
            WHEN status="На заказ" THEN 2 
            WHEN status="Нет в наличии" THEN 3
            ELSE null END sort_id,
            *
    FROM table

По-хорошему (т.е. чтобы работало быстрее) нужно все это нормализовать. Сделать таблицу статусов и в основной таблице ссылаться на их id, а в новой таблице уже просталять sort_id.

$result_array=[];
foreach (array_keys($array1) as $key){
      $result_array[$key]=$array2[$key];               
}
var_dump($result_array);

хотя не очень понятно, в какой ситуации такое может понадобиться, фактически у вы берете только значения из массива 2 по ключам присутствующим в массиве 1. При этом все остальное вообще не используется...

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at C:\OSPanel\domains\localhost\scripts\create_user.php:1)

Перевожу: нельзя изменить информацию заголовка (header), т.к. заголовки уже отправлены.
Как только вы что-то отправили на вывод (даже пробел), заголовки сразу же будут сформированы и отправлены: до отправки заголовков у вас не должно быть ни одного символа вне тегов php.

Я не совсем понимаю как правильно написать коммит чтобы понятно было и мне и другим.

Что-то типа этого:
"PROJ-237. Добавлено описание продукта на странице 'О товаре'"
и если позволительно, то лучше на английском. PROJ-237 - номер задачи в вашей любимой системе управления проектами.

По-моему приведенный запрос не будет работать, т.к. нет агрегатных функций возле группируемых параметров. Если не анализировать структуру БД и условия запроса, а только преобразовать его, то будет как-то так:

WITH check_user as (
	SELECT :user_id IN (18,104,1,15) check_id FROM dual
),
main_query as (
	SELECT
	  kpi.id,
	  GROUP_CONCAT(users_to_groups.user_id) AS test_1,
	  SUM(:user_id=users_to_groups.user_id) AS test_3
	FROM kpi
	LEFT JOIN kpi_watchers_groups ON kpi_watchers_groups.kpi_id = kpi.id
	LEFT JOIN users_to_groups ON users_to_groups.data_id = kpi_watchers_groups.group_id
	GROUP BY kpi.id
)
SELECT
	main_query.*,
	check_user.check_id test_2
FROM main_query
CROSS JOIN check_user

Знаю что есть некие "шаблоны проектирования" - хочу познакомиться на практике - с какого именно начать?

Ни с какого не нужно, просто прочитайте про них. Скорее всего вы уже использовали часть из них не зная об этом, т.к. это всего лишь удачные решения для типичных задач. Если изучили фреймворк, то в нем найдете много решений соответствующих шаблонам.
Тут наоборот нужно, брать задачу и продумывая ее решение иметь ввиду что есть шаблоны проектирования.

Примерно так:

$search = array('/(\!)+/', '/(\?)+/', '/(\,)+/', '/(\.){4,}/', '/(\.){2}/');

оставляет по 1 знаки " ! ? , . ", не трогает три точки. Но лучше сразу опишите все условия.

Кроме лишних fi вместо $$ вероятно имелось ввиду &&

git-flow.
В своей ветке (feature) развлекаетесь как хотите, затем мержите в develop, а уже develop отправляете на сервер. В итоге ваша ветка вообще не попадает в репозиторий, только конечный итог.

Время различается из-за того, что часть портов фильтруется. Проверяйте настройки файервола (скорее всего на целевой машине), filtered - означает, что сервер не удосужился прислать ответ, а так делают файерволы, потому как по стандарту ответ присылать обязательно.

В принципе уже описали, как действовать для реализации проекта.
Что касается:

До этого предпринимались попытки автоматизации:
1) Создалась некая программа, которая выглядит как БД, написана на sql и Oracle(есть на диске, но не знаю как её открыть).
2) ИС работающая в браузере, с возможностью авторизации.

На sql программы не пишутся, но учитывая п.2 и слово "Oracle" вероятно использовался APEX. Но несмотря на то, что APEX предназначен для создания проектов непрограммистами, по-факту придется искать разработчика APEX, а их не так много, да и скорее всего неоправданно дорого будет.

Если под функцией здесь понимается метод класса, то методы вы должны вызывать сами. А констрокторы и деструкторы - это "магические" методы, те которые вызываются автоматически при наступлении определенного события. Лучше прочитайте документацию, там лучше всего написано.

Не важно зависимость yii это или нет. Yii2 может работать с 5.4 поэтому в composer.json указано "require": "php": ">=5.4.0". Для myclabs/deep-copy требуется php 7.2 поэтому в нем указано "require": "php": "^7.2". Очевидно, что при установке yii2 и компонента myclabs/deep-copy, разрешив зависимости, тот же composer забракует 5.4, т.к. хотя для yii2 этого достаточно, но уже недостаточно для myclabs/deep-copy.
Нужно обновлять php, потому что даже если и решите эту проблему, завтра возникнет подобная с другим компонентом.

"Ведь есть место, где пересекаются медицинские знания и IT, ну хочется верить, что есть такие места или будут."
IT сейчас везде, поэтому, конечно, есть. Найдите подходящее направление и уже изучайте конкретные инструменты.
Мало кого интересует образование (разве что некоторых наличие высшего технического), главное реальный опыт и навыки.

Если я правильно понял, есть базовый неизменный образ который используют все машины, а изменения характерные для каждой машины хранятся отдельно? Если так, то почитайте про AUFS и UnionFS, эти файловые системы давно появились, так что может уже и еще чтото новое есть.