count=100; i=0; find . -maxdepth 1 -type f | while read f; do n=$[i/c+1]; i=$[i+1]; mkdir -p "$n" && mv "$f" "$n/$f"; done
берутся только файлы из текущей директории, и перемещаются во вновь созданные директории (1,2,3 и т.д.). "count=100" - кол-во файлов в каждой директории
