Allepta, не нашел красивого решения, только добавить хуки с бекапом удаляемого ядра в /tmp с линками на него, подразумевается, что /tmp чистится после перезагрузки, а битые линки удаляем при следующем обновлении ядра. Вот 2 хука:
save-running-kernel-modules-pre.hook:
[Trigger]
Operation = Upgrade
Operation = Remove
Type = Package
Target = linux
[Action]
Depends = bash
Depends = find
When = PreTransaction
Exec = /usr/bin/bash -c "/usr/bin/find . -type l -exec test ! -e {} \; -delete; /usr/bin/mkdir -p /tmp/save-running-kernel-modules && /usr/bin/cp -a /usr/lib/modules/$(uname -r) /tmp/save-running-kernel-modules"
save-running-kernel-modules-post.hook:
[Trigger]
Operation = Upgrade
Operation = Remove
Type = Package
Target = linux
[Action]
Depends = bash
When = PostTransaction
Exec = /usr/bin/bash -c "/usr/bin/ln -s /tmp/save-running-kernel-modules/$(uname -r) /usr/lib/modules/$(uname -r)"
Т.к. решение все-таки костыльное в AUR не буду добавлять.