rm -f /var/lib/rpm/__db.*rpm -vv –rebuilddb - /etc/letsencrypt/live/domen.ru/:/etc/letsencrypt/live/domen.ru/services:
nginx:
# ...
volumes:
# ...
- /etc/letsencrypt:/etc/letsencryptlive/domen.ru лежат не сами сертификаты, а линки на файлы двумя уровнями выше. Линки вы и видите, но указывают они на недоступные файлы.