Отследить трекерами реестра и файловой системы - что создается, обычно это папка в program files, ключи реестра в HKEY_LOCAL_MACHINE и ярлыки - и удалить это все скриптом, не забыв перед этим прибить возможно запущенный процесс этой программы.
На будущее - в msi надо не инсталлятор оригинальный запихивать, а последовательность действий из этого инсталлятора. Отловить можно все - как написал выше.