Вопрос конечно странный, попахивает приличной паранойей.
Но если у вас закрыт 80 порт, значит он не используется и вам стоит убрать то, что его использует и открыть, чтобы Lest Encrypt мог сам поднимать на нем временный веб сервер для валидации своих сертификатов.
Это можно сделать - если вам действительно важно использовать http-01 challenge для подтверждения.
НО у LE есть и другие способы валидации, не требующие 80 порта.