Я если использую комменты, то всегда родные WP с небольшими модификациями - авторизация через соцсети, уведомление о комментах, отключение лишних полей и тд. Если клиент настаивает на внешней системе - для запада и всего не-школоло - Disqus. Если же аудитория четко вконтактиковская - тогда модуль ВК.
Причин на использование встроенной системы комментов несколько:
1. Скорость загрузки и возможность кеширования
2. Возможность индексации комментов и поиска по ним (в том числе и поисковики могут индексировать)
3. Более полный контроль над самими комментами, их дизайном, функционалом формы комментирования (например, разрешить загружать картинки или вставлять oEmbed)
4. Возможность использования виджетов "последние комменты" и тд
5. Возможность использовать количество комментов как одну из метрик для определения популярности постов
6. Отсутствие блокирующих внешних скриптов и запросов. Стараюсь вообще избегать использования внешних запросов с целью сокращения времени загрузки страниц
7. ... и другие мелкие выгоды, в зависимости от типа сайта
Что касается спама, то Akismet прекрасно справляется со своей задачей.